Trường Đại học Công nghệ GTVT luôn coi sự hợp tác Trường - Viện nghiên cứu - Doanh nghiệp là một yếu tố quan trọng trong sự phát triển của Nhà trường.
Trong những năm qua Nhà trường đã hợp tác với nhiều trường đại học trong và ngoài nước, với các doanh nghiệp trong và ngoài ngành GTVT, thông qua các hoạt động hợp tác này đã góp phần nâng cao chất lượng đào tạo, nghiên cứu khoa học và nâng cao hiệu quả các mặt hoạt động của Nhà trường. Và tiếp tục trong các hoạt động hợp tác, vào sáng 16/4/2013, tại cơ sở Hà Nội đã diễn ra Lễ ký thỏa thuận hợp tác giữa Trường Đại học Công nghệ GTVT với Viện khoa học và công nghệ GTVT nhằm tăng cường công tác phối hợp trong việc triển khai các hoạt động nghiên cứu, phát triển và ứng dụng Khoa học công nghệ (KHCN); triển khai dịch vụ KHCN và đào tạo trong lĩnh vực GTVT. Dự buổi lễ có PGS.TS Hoàng Hà- Vụ trưởng Vụ KHCN, Bộ GTVT; PGS.TS Nguyễn Xuân Khang- Viện trưởng Viện khoa học và công nghệ GTVT; TS Đỗ Ngọc Viện- Hiệu trưởng Trường Đại học Công nghệ GTVT và các đồng chí lãnh đạo Trường, lãnh đạo Viện, lãnh đạo các phòng ban chức năng của hai đơn vị. Theo thỏa thuận, 2 bên sẽ tiến hành hợp tác trong 5 lĩnh vực chính: Hợp tác trong nghiên cứu và phát triển KHCN; Hợp tác trong triển khai ứng dụng và thực hiện dịch vụ KHCN; Hợp tác trong đào tạo và phát triển nguồn nhân lực; Hợp tác trong tổ chức hội nghị, hội thảo, tọa đàm khoa học; Cung cấp, trao đổi và phổ biến thông tin.